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2010-04-08 基于氨基酸组成的蛋白质预测软件
根据组成蛋白质的20种氨基酸的物理和化学性质可以辨析电泳等实验中的未知蛋白质,也可以分析已知蛋白质的物化性质。
2010-04-08 蛋白质结构预测的背景及生物学意义
一种生物体的基因组规定了所有构成该生物体的蛋白质,基因规定了蛋白质的氨基酸序列。虽然蛋白质由氨基酸的线性序列组成,但是它们只有折叠成特定的空间构象才能具有相应的活性和生物学功能。
2010-04-08 蛋白质二级结构预测(protein secondary structure prediction)的发...
在预测中心残基的二级结构时,以残基在特定环境形成特定二级结构的倾向作为预测依据。这些算法可以归为几类:(1)基于统计信息;(2)基于物理化学性质;(3)基于序列模式;(4)基于多层神经网络;(5)基于图论;(5)基于多元统计;(6)基于机器学习的专家规则;(7)最邻近算法。
2010-04-08 Chou-Fasman预测方法预测蛋白质二级结构
Chou-Fasman方法是一种基于单个氨基酸残基统计的经验参数方法,由Chou和Fasman在20世纪70年代提出来。通过统计分析,获得的每个残基出现于特定二级结构构象的倾向性因子,进而利用这些倾向性因子预测蛋白质的二级结构。
2010-04-08 蛋白质二级结构预测-基于氨基酸疏水性的预测方法
蛋白质二级结构预测-基于氨基酸疏水性的预测方法,这种方法是一种用物理化学方法进行二级结构预测的方法,或称为立体化学方法。在蛋白质中,氨基酸的理化性质对蛋白质的二级结构影响较大,因此在进行结构预测时考虑氨基酸残基的物理化学性质,如疏水性、极性、侧链基团的大小等,根据氨基酸残基各方面的性质及残基之间的组合预测可能形成的二级结构。
2010-04-08 蛋白质二级结构预测-最邻近方法(NearestNeighboringmethods)
蛋白质二级结构预测-最邻近方法(NearestNeighboringmethods)
2010-04-08 蛋白质二级结构预测-人工神经网络方法(Artificial neuron network)
人工神经网络是一种复杂的信息处理模型。随着神经网络研究的兴起,科学家们也将神经网络用于生物信息学,其中包括二级结构的预测、蛋白质结构的分类、折叠方式的预测以及基因序列的分析等等。用于蛋白质二级结构预测的基本神经网络模型为三层的前馈网络,包括输入层、隐含层以及输出层。每一层由若干神经元组成,输入层神经元与隐含层的神经元是完全连接的,即任何一个输入层神经元都与任何一个隐含层的神经元连接。同样,隐含层神经元与输出层的神经元也是完全连接的。
2010-04-08 蛋白质二级结构预测-综合各种分析方法预测
综合各种分析方法预测
2010-04-08 蛋白质三级机构预测-同源模型化法
蛋白质结构预测的生物学意义 同源模型化法 模型的基本思想 模型预测的基本步骤 预测结果的准确性及改进 同源模型的其他方法
2010-04-08 蛋白质三级结构预测-线索化法
线索化模型产生的背景及发展 线索化模型的基本思想 线索化模型的优化算法
2010-04-08 蛋白质结构预测(protein structure prediction)
一种生物体的基因组规定了所有构成该生物体的蛋白质,基因规定了组成蛋白质的氨基酸序列。虽然蛋白质由氨基酸的线性序列组成,但是,它们只有折叠成特定的空间构象才能具有相应的活性和相应的生物学功能。
2010-04-08 蛋白质三级机构(空间结构)预测-从头预测法(ab initio predicti...
在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下,上述两种蛋白质结构预测的方法都不能用,这时只能采用从头预测方法(Abinitio),即(直接)仅仅根据序列本身来预测其结构。在1994年之前,还没有一个从头算方法能够预测蛋白质的空间结构。
2010-04-08 基于蛋白质物理性质的蛋白质预测软件
ComputepI/MW:是ExPASy工具包中的程序,计算输入序列等电点和分子量的工具。对pI的确定基于早期研究中将蛋白质从由中性到酸性变性条件下迁移过程中所获得的pK值(Bjellqvist等,1993)。分子量的计算是把序列中每个氨基酸的同位素平均分子量加在一起,再加上一个水分子的分子量。
2010-04-08 蛋白质二级结构(protein secondary structure)预测软件
蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步,二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。目前较为常用的几种方法有:PHD、PSIPRED、Jpred、PREDATOR、PSA,其中最常用的是PHD。
2010-04-08 蛋白质三级结构(tertiary structure of protein)的预测软件
蛋白质三维结构的预测方法通常包括:同源性建模和从头开始的预测方法。对数据库中已知结构的序列的比对是预测未知序列三级结构的主要方法,也即同源建模的方法。

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